生物有机肥是指特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。
这类肥料集有机肥料和生物肥料优点于一体，既有利于增产增收，又有利于培肥土壤、改善土壤微生态系统、减少无机肥料用量，提高并改善农产品品质。
生物有机肥的作用效果
1，提高作物产量，改善作物品质
生物有机肥营养物质释放缓慢。以氮素营养而言，多以NH4+或氨基酸形式供给植物，进入植物细胞后直接参与植物细胞物质的合成，故植物生长快，积累的糖分等物质多，自然农产品质量好，且很少有硝酸盐等有害物质污染。
2，提高土壤肥力，改善土壤理化性质
土壤有机质直接影响着土壤的保肥性、保水性、缓冲性和通气状况等。因此，土壤有机质含量是衡量土壤肥力的一项重要指标，是土壤肥力的物质基础。
施用生物有机肥不仅能补充被消耗的植物养分，而且还能不断提高土壤有机质含量。
3,增加土壤向作物提供营养的能力
一般情况下，生物有机肥料中添加有固氮微生物。
生物有机肥中还添加了一定数量的溶磷微生物和硅酸盐细菌，施入土壤后经增殖并与其它土壤微生物协同作用，提高土壤供肥能力。
4，改善土壤微生态系统，提高土壤生物肥力的水平
一般腐熟的有机肥中含有酵母菌、乳酸菌、纤维素分解菌等有益微生物，而加有功能菌的生物有机肥还可能含有一些有益菌。
这些微生物除了具有产生大量活性物质的能力外，有的还具有固氮、溶磷、解钾的能力，有的具有抑制植物根际病原菌的能力，有的则具有改善土壤微生态环境的能力。
5,减少或降低植物病虫害的发生
生物有机肥具有改善土壤生态环境及土壤微生物区系的作用，在减少作物病虫害发生方面发挥着更为重要的作用。
这是因为在生物有机肥中含有多种非病原微生物菌群，在微生物的生长繁殖过程中，具有竞争性抑制作用，并能分泌出多种抗生素、杀虫物质及植物生长激素，起到防治植物病害的作用。
