现代农业科技有限公司创新体系在建设过程中可能出现的问题；（一）农业科技创新体制与其管理机制存在的矛盾；现在我国正在建设社会主义市场经济，在建设过程中，还有一些比较突出的问题。由于现代农业科技创新这一架构及其管理模式的发展，农业现代化发展过程中存在的不足逐渐暴露出来。目前，我国建立的农业科研机构，在纵向上分为国家和地方，在两个之间是分层的，投入主体不一样；在横向上，是根据我国行政区域的划分设立农业科研机构，这种空间机构分布是成块的，这些机构的层次和从属不一样。在进行科技攻关时，联动体制上的分工协作很困难。在这种情况下，很难在农业研究机构之间实现横向和纵向优化组合。同时，现在农业科技创新考评制度也存在问题，如考核指标片面化，主要是科研成果的数量、获奖的多少、论文发表的多少等这些考核指标，在科研成果和其对应的产业所需是否匹配等方面并没有得到重视，忽视了科研成果的实际应用以及它们体现出来的价值和效果，因此农业科技的发展受到很大的影响。（二）现代科技创新激励机制不足；机制是相关事物运动的重要因素。事业良性发展的一个条件就是要有很完善的激励机制。科技创新激励机制在现代农业发展的过程中很重要，可是在许多农村地区，对于科技创新这样具有划时代意义的事业，并没有完善的发展激励机制。一些乡村依旧维持传统工作方法：将大部分精力用于行政工作，只有少数人进行科技创新，导致许多农民缺乏参与科技创新的积极性。因此，动员相关社会力量帮助创新农业科学技术，建立健全科技创新奖励惩处制度是推动农村经济发展的要点。农村地区需要在这些问题上建立规范、激励机制。在农村地区，应该引导农民理解现代科技理论，认识农业科技创新体系，推动他们树立科技创新意识，对他们进行组织指导，帮助他们进行探索。这样，可以系统地掌握相关农业科技知识及技术，推动现代农业科技创新，使农业科技进一步发展。（三）农业科研创新保障条件不足；现代农业科技有限公司创新体系要进一步发展，就有相应的设备、人力以及费用做保障。由于资金不足，减少了农业科技创新技术的创新力。其次，政府部门在科技创新计划的交接和资源配置问题上缺少沟通与协调，在部门内部还出现了一些基本问题，如在建设体系、研究对象、科技引进方面出现重复现象。现代农业科技体系推广方法不当；相关工作人员的专业知识没有及时更新，导致体系服务的落后；办公环境差，设备陈旧。有些地区的植保站、防疫站等农业防灾减灾工作处于停顿状态，根本无法保障农业的有效生产。
